COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HIV-1 Test

COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HIV-1 Test 

16_rmd_product_150px

COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HIV-1 Test jest testem in vitro opartym na amplifikacji kwasu nukleinowego do ilościowego oznaczania RNA ludzkiego wirusa upośledzenia odporności typu 1 (HIV-1) w ludzkim osoczu przy użyciu aparatu COBAS AmpliPrep (automatyczne przygotowywanie próbek oraz analizatora COBAS TaqMan lub COBAS TaqMan 48 (automatyczna amplifikacja i detekcja). Za pomocą testu można dokonywać oceny ilościowej RNA HIV-1 w zakresie stężenia 40-10000000 kopii/ml. Jedna kopia RNA HIV-1 odpowiada 1,64 ± 0,1 jednostkom międzynarodowym IU (International Unit) według międzynarodowego standardu nr 1 WHO dla RNA HIV-1 dla technik opartych na detekcji kwasów nukleinowych NAT [WHO 1st International Standard for HIV-1 RNA for Nucleic Acid-Based Techniques (NAT)] (NIBSC 97/656).Test ten łącznie z objawami klinicznymi i innymi markerami laboratoryjnymi progresji choroby znajduje zastosowanie w opiece klinicznej chorych zakażonych HIV-1. Test może służyć do oceny rokowania pacjenta w oparciu o pomiar początkowego poziomu RNA HIV-1, a także monitorowania leczenia przeciwretrowirusowego poprzez pomiar zmian poziomu RNA HIV-1 w osoczu z dodatkiem EDTA w trakcie terapii.

COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HIV-1 Test oparty jest na trzech głównych procesach: (1) przygotowanie próbki w celu wyizolowania RNA HIV-1; (2) odwrotna transkrypcja docelowego RNA w celu wygenerowania komplementarnego DNA (cDNA), oraz (3) jednoczesna amplifikacja PCR docelowego cDNA i detekcja rozszczepionej podwójnie znakowanej sondy oligonukleotydowej swoistej dla łańcucha docelowego.

Test COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HIV-1 Test umożliwia automatyczne przygotowanie próbki, a następnie automatyczną odwrotną transkrypcję, amplifikację PCR oraz detekcję docelowego RNA dla HIV-1 i Armored RNA dla standardu ilościowego HIV-1 Quantitation Standard (QS). Odczynnik Master Mix zawiera startery i sondy swoiste zarówno dla RNA HIV-1, jak i RNA HIV-1 QS. Odczynnik Master Mix został opracowany tak, aby zapewnić równoważną ocenę ilościową podtypów grupy M wirusa HIV-1. Detekcję amplifikowanego DNA przeprowadza się za pomocą podwójnie znakowanych sond oligonukleotydowych swoistych dla DNA docelowego i standardu QS, które umożliwiają niezależną identyfikację amplikonu HIV-1 oraz amplikonu HIV-1 QS. RNA wirusa HIV-1 oznacza się ilościowo za pomocą standardu oznaczania HIV-1 QS. Rekompensuje on wpływ hamowania oraz kontroluje proces przygotowywania i amplifikacji, pozwalając uzyskać dokładniejsze oznaczenie ilościowe RNA HIV-1 w każdej próbce. Standard oznaczania HIV-1 QS to nie zakaźny konstrukt Armored RNA zawierający sekwencje HIV o identycznych miejscach wiązania primerów jak docelowy RNA HIV-1 oraz charakterystyczne miejsce wiązania sondy, co umożliwia zróżnicowanie amplikonu HIV-1 QS od amplikonu HIV-1. Standard HIV-1 QS jest dodawany do każdej próbki w znanej liczbie kopii i wraz z nią przechodzi przez proces przygotowania, odwrotnej transkrypcji, amplifikacji PCR oraz detekcji rozszczepionej podwójnie znakowanej sondy oligonukleotydowej. Analizator COBAS TaqMan Analyzer lub COBAS TaqMan 48 Analyzer oblicza stężenie RNA HIV-1 w badanych próbkach poprzez porównywanie sygnału HIV-1 z sygnałem HIV-1 QS dla każdej próbki i kontroli.

Selektywna amplifikacja badanego kwasu nukleinowego zapewniona jest przez zastosowanie enzymu AmpErase®.